La terza stagione torna a focalizzarsi sul basket e vede l’arrivo della turbolenta Rachel Gatina che instilla dramma nella relazione tra Brooke e Lucas, il risorgere dei sentimenti di Peyton per Lucas, la chiusura della relazione tra Peyton e Jake, mentre Nathan ed Haley si riconciliano e decidono di risposarsi causando l’uscita di scena di Chris Keller. Dan acquista una trama di maggiore importanza mentre cerca di scoprire l’identità della persona che ha attentato alla sua vita nel finale di stagione precedente. Un episodio davvero importante vede la maggior parte dei personaggi principali presi in ostaggio alla “Tree Hill High” (“Una tragedia annunciata”) che culmina con Peyton ferita ad una gamba e quasi morente per via di tutto il sangue perso, e con Dan che uccide Keith.
