2×01 – Game Change
Nikita e Michael complottano per smontare la Divisione e plot to take down Division and Oversight e sono preparati ad usare il contenuto delle scatole nere per farlo. Amanda adesso sta dirigendo la Divisione ma Oversight le ha assegnato uno dei loro, un nuovo agente chiamato Sean, per tenerla d’occhio. La prima missione di Amanda è quella di riprendere le scatole nere da Nikita, e arruola Alex per aiutarla. Alex rifiuta fino a quando Amanda le dice che la aiuterà a trovare l’uomo che ha ucciso suo padre. Nel frattempo, Nikita e Michael ricevono aiuto da un alleato inaspettato.
2×02 – Falling Ash
Mentre indagano su un vecchio programma corrotto della Divisione, P9, che sembra riemerso, Nikita e Michael si imbattono in Owen. Li informa che sta cercando il Dr. Joseph Mars, che non solo è la mente dietro il P9, ma ha anche inventato il Regime e potrebbe aiutare Owen con il problema delle droghe. Micheal è esitante a fidarsi di Owen di nuovo, ma Nikita decide di unire le forze. Percy chiede di vedere Alex.
2×03 – Knightfall
Birkoff dice a Nikita e Michael che un documento delle scatole nere rivela che un terrorista internazionale di nome Ramon, a cui è stato dato il merito per alcuni seri omicidi politici, ora lavora per la Divisione. Questa novità turba Nikita in quanto era lei l’agente che catturò Ramon anni prima e lo consegnò a Percy. Amanda convince Alex a uccidere Anton Kochenko, un uomo che lavorava per il padre di Alex, e pianifica di lasciare che Ramon prenda il merito per l’omicidio. Comunque, quando Nikita sconvolge il piano di Amanda, la donna lotta cercando di prendere quello che Nikita ama di più.
2×04 – Partners
Nikita scopre che una sua vecchia conoscenza, Kelly, è riuscita a scappare da una prigione turca. Nikita era convinta che Kelly fosse morta e si è sempre sentita responsabile per la sua fine perchè accadde durante la sua fuga dalla Division
2×05 – Looking Glass
Michael scopre che una donna da lui frequentata sotto ordine diretto della Sezione è in pericolo. Sentendosi in colpa per come sono finite le cose tra di loro, Michael vuole aiutare Cassandra, tuttavia Nikita sospetta che ci sia sotto qualcosa di più di semplici sensi di colpa.
2×06 – 343 Walnut Lane
Mentre è alla ricerca di informazioni sulla scatola nera, Birkoff si imbatte nel certificato di nascita di Nikita. Nikita e Michael rintracciano il padre di Nikita, Richard, ma l’incontro non è esattamente quello che Nikita aveva previsto. Percy dice ad Alex che la scatola nera che ha Nikita contiene informazioni che potrebbero aiutarla a vendicare la morte del padre
2×07 – Clawback
Mentre è in prigione, Ryan scopre degli schemi che rivelano come l’Oversight ottiene i suoi finanziamenti. Ryan organizza un incontro con Nikita per aggiornarla, ma Amanda intercetta i loro messaggi in codice e avverte l’Oversight, che manda qualcuno per interrogare Ryan. Nikita e Michael si affrettano per tirare fuori di prigione Ryan prima che l’Oversight arrivi a lui. Nel frattempo, Alex è pedinata da Gogol e si trova faccia a faccia con qualcuno del suo passato.
2×08 – London Calling
Michael si allarma quando sente che Cassandra è nei guai e corre in suo aiuto. Scopre che il Generale Tupelov l’ha accusata di aver rubato due milioni di dollari e ha minacciato di ucciderla se non li restituirà. Comunque, quando la storia di Cassandra non fila, Nikita si insospettisce di quello che potrebbe star nascondendo. Nel frattempo, Alex riceve una offerta molto allettante da Percy che potrebbe darle le risorse per eliminare Semak
2×09 – Fair Trade
Nikita ruba dei fondi dall’Oversight, obbligandoli ad organizzare un incontro di emergenza. Nikita e Birkoff trovano un modo per spiare il meeting così che Nikita possa identificare gli altri membri dell’Oversight, ma le cose vanno di traverso e Sean cattura Birkoff. Amanda pretende di sapere dove si stia nascondendo Nikita ma Birkoff rifiuta di tradire i suoi amici così lei lo tortura. Nel frattempo, Alex mette in moto il suo piano per reclamare l’impero di suo padre. Con un prezzo nella propria testa, Alex capisce che il modo più semplice per entrare in Russia di nascosto è lo stesso modo per cui è stata buttata fuori – attraverso il circolo del sesso illegale.
2×10 – Guardians
Con Michael fuori città, Nikita si rivolge a Owen (guest star Devon Sawa) per aiutarla a trovare e rubare un’altra scatola nera da uno dei Guardian. Sfortunatamente scopre che Owen sta lavorando per un improbabile datore di lavoro che potrebbe mettere a rischio l’intera operazione di Nikita. Amanda scopre che Alex ha ricevuto una preziosa informazione su Semak e quella informazione poteva arrivare solamente da Percy. Furiosa che Percy l’abbia indebolita, Amanda gli toglie tutti i privilegi. Tornata a casa in Russia, Alex fa la sua mossa con Semak.
2×11 – Pale Fire
La missione di Alex di abbattere la Gogol si fa più dura quando si infiltra nella sua casa d’infanzia affrontando i fantasmi del suo passato. In una missione completamente separata, anche Nikita finisce presso il palazzo per rubare la scatola nera di Semak. Nikita e Alex si scontrano e decidono di unire le forze, ma si imbattono in un ostacolo importante. Nel frattempo, Michael e Owen lavorano insieme per capire il piano segreto di Percy con i Guardiani.
2×12 – Sanctuary
Sean attacca Nikita e Michael in uno sforzo di proteggere sua madre. Nel frattempo, Percy prende il sopravvento su Amanda e minaccia di uniformare la Divisione a meno che non lo lasci andare
2×13 – Clean Sweep
Percy ha obbligato i suoi Guardians a tenere ostaggio i membri dell’Oversight fino a quando Amanda non accetta le sue richieste. Se non lo farà, questi sparerammp a tutti i membri dell’Oversight e rilasceranno un gas letale all’interno della Division che ucciderà all’istante tutti, compresa Amanda. Nel frattempo, Sean è fuori di sé per salvare sua madre dalle grinfie di Percy e si rivolge a Nikita, Michael e Alex per aiuto.
2×14 – Rogue
Percy continua con il suo piano per riprendersi la Division minacciando di uccidere il mentore di Nikita, Carla, la donna che ha tolto Nikita dalla strada quando era una drogata. Determinata ad arrivare a Carla prima di Percy, Nikita usa Madeline per mandarle un messaggio. Percy intercetta il messaggio ed è una gara a vedere chi arriva prima a Carla. Nel frattempo, Amanda dice ad Alex che è ora che si riprenda Zetrov e rivelare al mondo che Alexandra Udinov è viva.
2×15 – Origins
Nikita e Michael cercano di aiutare Carla a ricordare il suo passato, che contiene la chiave per sconfiggerela Divison. Carlaricorda la notte in cui Nikita è stata arrestata e Nikita è stupita di quanto viene a sapere. Nel frattempo Alex arriva alla conferenza stampa di Zetrov dove Semak sta parlando e annuncia che lei è Alexandra Udinov. Alex pretende uno scambio – sua madre per l’impero.
2×16 – Double Cross
La Divisione è in subbuglio quando gli agenti vengono assassinati uno per uno. Amanda realizza che c’è Percy dietro gli omicidi che sta cercando di minare la sua autorità con gli agenti di altre divisioni. Con riluttanza è costretta a chiamare Nikita, facendole un’offerta a cui è difficile resistere – se fermerà Percy lei darà a Nikita Ryan.
2×17 – Arasing
Michael è furioso quando scopre un segreto che Cassandra (guest star Helena Mattsson) gli ha tenuto nascosto, così lui e Nikita volano a Mosca per confrontarsi con lei. Nel frattempo, Alex fa un ultimo sforzo per per trovare sua madre (guest star Sarah Clarke) inviando un messaggio codificato attraverso una intervista televisiva.
